Als Makrozoobenthos werden alle substratgebundenen (Gewässergrund, Vegetation, Holz etc.) wirbellosen Gewässertiere bezeichnet, die noch mit bloßem Auge wahrnehmbar sind. Die kleinsten Vertreter im Süßwasser, z.B. einige Wasserkäfer und -wanzen, erreichen lediglich eine Körperlänge von weniger als 2 mm, die größten, z.B. der Edelkrebs, werden bis zu 20 cm groß.

Viele Arten halten sich nicht unmittelbar am Gewässergrund auf, sondern besiedlen die untergetauchte Vegetation. Kein Bestandteil des Makrozoobenthos sind alle frei im Wasser schwebenden (planktonischen) Arten.

Das Makrozoobenthos bezeichnet also keine systematisch einheitliche Gruppe des Tierreichs, die einzelnen Gruppen sind zum Teil nicht nahe verwandt und entstammen sogar verschiedenen Klassen. Hinsichtlich der Artenzahl stellen die wasserbewohnenden Insekten die weitaus größte Gruppe in Binnengewässern.

Während z.B. die Wasserschnecken und Muscheln sowie die aquatischen Krebstiere und viele Wasserkäfer und -wanzen ihren gesamten Lebenszyklus im Wasser durchlaufen, gibt es auch eine Reihe von Tierordnungen, die nur das Larvenstadium im Wasser verbringen und nach ihrer Metamorphose zum Landleben wechseln. Zu diesen "merolimnischen" Arten gehören z.B. die Libellen, Köcher-, Stein- und Eintagsfliegen. Bei den letzteren handelt es sich allerdings nicht um "echte" Fliegen (Ordnung Diptera), die Köcherfliegen stehen verwandtschaftlich den Schmetterlingen nahe.

Auch bei den Diptera (Zweiflügler) gibt es eine große Anzahl von Arten, die sich als Larven im Gewässer entwickeln, darunter die Stechmücken und die große Familie der Zuckmücken, die allesamt große Bedeutung als Fischnährtiere besitzen. Die Vertreter der Ordnung Diptera sind jedoch als Larven nur schwer bestimmbar und werden daher bei Untersuchungen des Makrozoobenthos häufig vernachlässigt. Weitere nur von Spezialisten bestimmbare Gruppen sind z.B. die Vertreter der Ringel- und Strudelwürmer sowie die Moostierchen, Schwämme und Hohltiere.

Im folgenden werden einige wichtige Ordnungen des Makrozoobenthos kurz beschrieben:

Die artenreichste Gruppe sind die wasserbewohnenden Käfer (Coleoptera), zur Fauna Deutschlands gehören über 300 Taxa. Die überwiegende Zahl besiedelt Stillgewässer, z.B. die Gelbrandkäfer, oder langsam strömende Abschnitte von Strömen, nur wenige Arten sind auf schnell fließende Gewässer spezialisiert. Bei letzteren handelt es sich oft um gute Indikatorarten für die Gewässergüte, sie sind oft recht anspruchsvoll was den Sauerstoffgehalt der Gewässer betrifft und vielerorts aufgrund von Gewässerverschmutzungen gefährdet. Viele Arten sind sich äußerlich sehr ähnlich und können nur anhand ihrer Genitalien sicher bestimmt werden.

Eine ähnlich hohe Artenzahl, ebenfalls über 300 Arten in Deutschland, erreichen die Köcherfliegen (Trichoptera). Der Name beruht auf der Eigenart der Larven, sich zum Schutz gegen Fressfeinde einen Köcher zu bauen, der entweder nur aus körpereigenem Spinnsekret oder aus Sand, Blattstückchen o.ä. hergestellt wird, wobei das Spinnsekret hier als Kitt dient. Die Köcherfliegen besiedeln annähernd gleichermaßen Still- und Fließgewässer, wobei sich einzelne Familien in hohem Maße spezialisiert haben. Als Larven sind nicht alle Köcherfliegengattungen bis zur Art bestimmbar.

Fast ausschließlich an Fließgewässer gebunden sind die Steinfliegen (Plecoptera). Von dieser Ordnung kommen deutschlandweit rund 120 Arten vor. Aufgrund der hohen Ansprüche vieler Arten an die Gewässergüte ist der Anteil gefährdeter Arten überdurchschnittlich hoch. In Deutschland bereits ausgestorben sind einige Arten, die ausschließlich in großen Flüssen vorkamen, die geringe Flugfähigkeit der Steinfliegen erschwert eine Wiederbesiedlung nach dem Zusammenbruch von Populationen.

Die Eintagsfliegen (Ephemeroptera) sind in Deutschland mit rund 100 Arten vertreten. Der Name deutet auf die Kurzlebigkeit der Imagines hin, wenngleich deren Lebensdauer auch bis zu einigen Tagen reichen kann. Diese Ordnung ist ganz überwiegend in Fließgewässern zu finden. Spektakulär sind die Massenschlupfe einiger Stromarten, bei denen Milliarden von Tieren gleichzeitig aus dem Wasser steigen und nach ihrem Tod den Boden im Gewässerumfeld zentimeterhoch bedecken, z.B. im Jahre 1995 am Main.

Recht große und auffällige Vertreter des Makrozoobenthos sind die Libellen (Odonata), von denen in Deutschland rund 80 Arten vorkommen. Die ganz überwiegende Anzahl davon lebt in Stillgewässern, wenngleich auch die Bäche und Flüsse z.T. stark gefährdete Charakterarten besitzen. Auch aufgrund ihrer Körpergröße zählen die Libellen zu den Flugkünstlern unter den aquatischen Insekten. In günstigen Jahren kann es in Deutschland sogar zu Masseninvasionen von Arten des Mittelmeerraums kommen.

Die Wasserwanzen (Heteroptera) kommen in Deutschland mit über 60 Arten vor. Während einige Gattungen als "Wasserläufer" die Wasseroberfläche besiedeln, die sogenannten wasserliebenden Landwanzen, leben andere Gattungen, die "Ruderwanzen", dauernd im Wasserkörper. Ganz überwiegend sind Wasserwanzen in kleinen Stillgewässern zu finden. Aufgrund ihrer guten Flugfähigkeit sind sie in der Lage, auch temporäre Kleingewässer zu besiedeln, sie erreichen hier insbesondere bei der Abwesenheit von Fischen hohe Dichten.

Die Weichtiere (Mollusca) sind in der Bundesrepublik mit rund 100 Arten vertreten und bevorzugen im allgemeinen stehende oder langsam strömende Gewässer. Eine Ausnahme ist z.B. die vom Aussterben bedrohte Flussperlmuschel, die nur in schnellfließenden, sauberen und kalkärmeren Gewässern vorkommt und mit bis zu 80 Jahren ein biblisches Alter erreichen kann. Viele Wasserschneckenarten sind hinsichtlich ihrer Schalenform veränderlich und bilden verschiedene Ökotypen aus, die nur schwer zu bestimmen sind. Letzteres gilt auch für die 16 Arten der winzigen Erbsenmuscheln.

Die Krebstiere (Crustacea) des Benthos gehören überwiegend zu den Ordnungen Decapoda (Zehnfüßige Krebse) und Amphipoda (Flohkrebse). Zur ersten Gruppe gehören der einheimische Edelkrebs sowie die eingeführten Arten Amerikanischer Flusskrebs und Chinesische Wollhandkrabbe. Die Bestände des ehemals fischereiwirtschaftlich bedeutenden Edelkrebses wurden durch die Krebspest, die durch den dagegen unempfindlichen Amerikanischen Flusskrebs verbreitet wurde, fast vollständig ausgelöscht, so dass letztere Art heute überall dominiert. Auch die Chinesische Wollhandkrabbe und die eingeschleppte Süßwassergarnele befinden sich entlang der großen Schiffahrtsstraßen derzeit in Ausbreitung. Bei den 23 in Deutschland nachgewiesenen Flohkrebsen handelt es sich ebenfalls überwiegend um gebietsfremde Arten, die als blinde Passagiere im Ballastwasser von Schiffen eingereist sind.